新しい内視鏡システム UNITEA は、pacs に接続して dicom ファイルを生成するのですが、これまでのシステムでは jpg ファイルとそれを管理するデータベースでそれなりに快適に動作しており、どちらかに統一する必要があると思っていました。
これまでは、jpg ファイルを dicom ファイルに変換して pacs にインポートすることを考えていましたが、そうするとファイルの容量が巨大になります。
そこで、dicom ファイルを jpg に変換して、dicom ファイルのタグ情報をこれまでのデータベースに記録することにしました。
pacs には dicom ファイルがどんどん蓄積されるのですが、メインで内視鏡画像を閲覧するのは、これまで通り php で jpg ファイルを閲覧します。
内視鏡は dicom じゃなくて jpg でも十分だと思います。
dicom の内視鏡画像を jpg ファイルに変換
import pydicom
from PIL import Image
file = pydicom.dcmread('/var/www/html/demo/sample.dcm')
img = file.pixel_array
pil_img = Image.fromarray(img)
pil_img.save('/var/www/html/demo_jpg/sample.jpg')
結果は、
以前、色調がおかしくなった Plissimo EX の dicom ファイルも、
きちんと変換されました。
CT画像を jpg に変換
CT画像を同じように変換しようとすると、以下のようなエラーが出ます。
OSError: cannot write mode I as JPEG
ネット上にあるいろいろなコードを試してみましたが、きちんと変換できませんでした。
そしてさらにいろいろと検索して dicom2jpg に到達、これ最高です。
今のところ情報が少なすぎて詳細は不明ですが、以下のようにして使用するようです。
まずは、dicom2jpg をインストール。
pip install dicom2jpg
python は、
import dicom2jpg
dicom_dir = "/var/www/html/demo"
export_location = "/var/www/html/demo_jpg"
dicom2jpg.dicom2jpg(dicom_dir, target_root=export_location)
これはディレクトリごと jpg に変更する場合です。
だだし、ファイルの拡張子が「.dcm」でなければなりません。
jpg 変換された画像は、
画像としてはこれでいいと思います。
詳細なオプションに関して調べる必要があります。
画像書き出しに関する設定
インストールされた dicom2jpg の utils.py に保存方法の細かい設定がしてあります。
dicom を jpg に変換した後で保存するのは、
full_export_fp_fn = target_root/Path(today_str)/Path(f"{PatientID}_{filetype}")/Path(f"{StudyDate}_{StudyTime}_{Modality}_{AccessionNumber}")/Path(f"{SeriesNumber}_{InstanceNumber}.{filetype}")
とされています。
ここを変更するのは少し気が重いです。
作成されたディレクトリを見ると以下のようになっています。
.
└── 20220930
├── 21900283_jpg
│ └── 20190204_102011_CT_
│ ├── 3_1.jpg
│ ├── 3_2.jpg
│ ├── 3_3.jpg
│ ├── 3_4.jpg
│ ├── 3_5.jpg
│ ├── 3_6.jpg
│ ├── 3_7.jpg
│ ├── 3_8.jpg
│ └── 3_9.jpg
└── ES07_jpg
└── 20190827_085053_ES_
└── 1_42.jpg
なるほどこれはこれでいいでしょうか。
python でシェルスクリプトを実行して画像処理
dicom ファイルを1ヶ所に集めて dicom2jpg を実行すれば、dicom ファイルのタグ情報によって python が自動的に処理してくれます。
しかし、dicom2jpg で処理する場合、ファイルの拡張子は「.dcm」でなければなりません。
dcm4chee はどういうわけか dicom ファイルの拡張子を付けません。
なのでそのままでは dicom2jpg が認識しれくれません。
そこで以前作ったシェルスクリプトで拡張子なしの dicom ファイルを処理することにしました。
dcmlist.sh
#!/bin/bash
origin="/home/user/tmp"
destination="/home/user/tmp/dcms/"
for fl in `\find $origin -maxdepth 6 -type f`; do
a=`file -b $fl`
if [[ $a = "DICOM medical imaging data" ]];then
fn=`basename $fl`
echo $fn
mv $fl $destination$fn".dcm"
fi
done
このシェルスクリプトを python から実行し、集められた .dcm ファイルを処理します。
import subprocess
import dicom2jpg
cmd = ("/home/user/dcmlist.sh")
process = (subprocess.Popen(cmd, stdout=subprocess.PIPE,
shell=True).communicate()[0]).decode('utf-8')
dicom_dir = "/home/user/tmp/dcms"
export_location = "/var/www/html/demo_jpg"
dicom2jpg.dicom2jpg(dicom_dir, target_root=export_location)
やっぱり utils.py を変更する
dcm4chee で保存されている dicom ファイルにも、UNITEA で作成される dicom ファイルにも AccessionNumber は設定されていません。ブランクです。
であれば、AccessionNumber は要らないということになります。
また、_jpg も要らない。
つまり、「本日の日付」/「カルテ番号」/「検査日_検査時刻_モダリティ」で十分にユニークだからです。
utils.py を以下のように書き換えました。
full_export_fp_fn = target_root/Path(today_str)/Path(f"{PatientID}")/Path(f"{StudyDate}_{StudyTime}_{Modality}")/Path(f"{SeriesNumber}_{InstanceNumber}.{filetype}")
そうすると、出来上がるファイル構造は、
.
└── 20220930
├── 21900283
│ └── 20190204_102011_CT
│ ├── 3_1.jpg
│ ├── 3_2.jpg
│ ├── 3_3.jpg
│ ├── 3_4.jpg
│ ├── 3_5.jpg
│ ├── 3_6.jpg
│ ├── 3_7.jpg
│ ├── 3_8.jpg
│ └── 3_9.jpg
└── ES07
└── 20190827_085053_ES
└── 1_42.jpg
この情報を含めて、必要な情報をデータベースに書き込めば、これまでの内視鏡データベースの上に画像データを積み上げることができます。
